서기 2100년 말, 한박사의 조수 건과 박사의 딸 송이는 고속도로를 달리다가 이상한 소년 피코를 구한다. 피코를 연구소에서 조사한 결과 그는 로봇이며 무슨 이유인지 기억을 상실했다는 것이 밝혀진다. 그러나 어느날 피코는 번개를 맞은 후 기억을 찾고, 카론 일당의 지구 정복 음모를 밝힌다. 그는 토성의 띠에 있는 카론의 기지에서 탈출했다가 카론 일당에게 습격 당했던 것. 이를 알아챈 카론은 피코와 한박사를 암살하려하나 실패하고, 오히려 건과 썬더A가 카론의 기지를 쳐부수기 위해 목성으로 출발한다. 그러나 카론은 우주전함과 로봇을 차례차례 보내 썬더에이를 막으려 하는데...